בביקורות שערך המשרד להגנת הסביבה בחברת אגד היסעים בחודש יוני 2016 נמצא כי החברה הפעילה אוטובוסים מיושנים ומזהמים; לא טיפלה בפניות ציבור לגבי עשן הנפלט מרכבי החברה; ולא פרסמה את נתוני זיהום האוויר של צי הרכב לציבור – זאת, בניגוד להוראות המשרד להגנת הסביבה.
לאור זאת, בחודש יולי 2016 המשרד הודיע לאגד היסעים על כוונתו להטיל עיצום כספי בגין ההפרות. אגד היסעים פעלה לתיקון הליקויים, והתקינה מסננים על 80 אוטובוסים – צעד המפחית ב-97% את הזיהום החלקיקי. על פי תקנות ההפחתה הקבועות בחוק - בעקבות פעילות החברה לתיקון הליקויים, ומכיוון שזו הפעם הראשונה שהחברה הפרה את ההוראות, סכום העיצום הכספי הופחת ב-40% לכ-1.63 מיליון שקל (מ-2.7 מיליון שקל) שכבר הופקדו.
חברת אגד היסעים היא אחת מחברות ההסעות הגדולות בישראל ומפעילה כ-500 אוטובוסים. בסוף שנת 2014 המשרד הוציא הוראות לצמצום זיהום אוויר ל-29 ציי הרכב הכבד הגדולים בישראל, ובכלל זה לחברות הסעה כגון אגד היסעים.
ההוראות קובעות דרישות להפחתת זיהום האוויר הנפלט מאוטובוס ממוצע בצי הרכב, דרישות לאיסור שימוש באוטובוסים מזהמים, הכשרת נהגי החברה לעקרונות נהיגה חסכונית ואקולוגית, חובות לטיפול בתלונות ציבור בנושא עשן, וכן דיווח לממונה ולציבור על נתוני זיהום האוויר מצי הרכב.
